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水产学院的前身是由着名科学家曾呈奎、朱树屏于1946年筹建创设的山东大学水产系。后经不断发展，于1988年改建为青岛海洋大学水产学院（水产学院沿革）。学科方向也由传统的捕捞、养殖、加工，发展成为以水产养殖与海洋药物为龙头，涵盖理、工、农、医四大学科门类的大水产学科，是中国海洋大学的两大特色学科之一。
学院现设水产养殖、海洋渔业和食品工程3个系、5个本科专业。还有水产增养殖和海洋药物2个研究所、1个教学实习基地（水产学院建制）。水产养殖学科为国家重点学科，海洋渔业和水产品加工为山东省重点学科。拥有海水养殖教育部重点实验室和山东省海洋药物重点实验室。截至2001年9月，全院有教职工125名，其中工程院院士1名，博士生导师16名，教授30名，副教授26名。有3人先后获得国家杰出青年基金资助，有长江学者奖励计划特聘教授上岗者3人。
现有研究生320余名，本科生600余名。设有水产一级学科博士点和博士后流动站（涵盖水产养殖、渔业资源、捕捞学3个二级学科）、水产品加工与贮藏工程博士点和博士后流动站、水生生物学博士点，除上述博士点对应的硕士点外，还有食品科学、生药学和药物化学硕士点。
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